El shiitake es nativo de los bosques templados y subtropicales del este de Asia, regiones que hoy comprenden China, Japón, Corea y Taiwán. En su estado natural, crece como saprófito, descomponiendo la madera muerta de árboles de hoja ancha. Su árbol huésped predilecto es el shii (Castanopsis cuspidata), una especie de roble o castaño japonés.

En chino mandarín, se conoce como xiānggū que significa "hongo fragante", un nombre que describe perfectamente su aroma intenso y característico.

La historia del shiitake comienza en China durante la dinastía Song (960-1279 d.C.) . Aunque se consumía desde mucho antes, fue en este período cuando se documentó por primera vez su cultivo.

Se atribuye a Wu Sangong, un agricultor del condado de Longquan (en la actual provincia de Zhejiang), el descubrimiento del método de cultivo alrededor del año 1000-1200 d.C. La leyenda cuenta que, frustrado por la impredecible aparición de los hongos en los troncos, Wu Sangong comenzó a golpear los troncos con un mazo. Observó que, donde había aplicado los golpes, los shiitakes brotaban con mayor abundancia. Este innovador método, conocido como "cultivo por shock", 

El shiitake llegó a Japón en tiempos antiguos, probablemente a través de intercambios con China y Corea. Su consumo está documentado desde el período Nara (710-794 d.C.) . Durante siglos, Japón dependió de la importación del preciado "hongo fragante" chino.

El cultivo en Japón con el método chino de golpeo ("cultivo por shock") comenzó más tarde, pero los agricultores japoneses lo perfeccionaron hasta convertirlo en un arte. Fue en Japón donde el cultivo dio un salto científico fundamental. En 1892, el micólogo Shōzaburō Mimura desarrolló el primer método de inoculación artificial pura, aislando el micelio y sembrándolo en troncos estériles. Esto eliminó la dependencia de la esporulación natural y aumentó drásticamente la fiabilidad de las cosechas.

El mayor revolucionario, sin embargo, fue el Dr. Kisaku Mori. En 1936, fundó una empresa y perfeccionó un método industrial de cultivo en troncos de roble (kunugi) con inoculación de micelio puro en un entorno controlado. Su trabajo estableció las bases de la industria moderna del shiitake.